Краснодарский край обладает значительными запасами воды. На его территории насчитывается большое количество водных источников. Месторождение пресных вод под Краснодаром является одним из крупнейших в мире.
Исследования показали, что грунтовые воды изобилуют марганцем, мышьяком, ртутью хлоридами и нитратами. Большой размах приняло загрязнение вод нефтью. Например, её содержание в грунтовых водах под нефтебазой в Краснодарском крае в 130 раз превышает ПДК, фенолов в 80 раз.
Водозаборные скважины, которые поят город, устарели, а их переоборудование составит миллионы долларов, которых нет, поэтому сегодня ни один житель города не застрахован от того, что однажды из открытого крана не польётся «таблица Менделеева».
Водный показатель в реке Кубани в черте краевой столицы выглядит не лучшим образом: превышение ПДК примесей отмечено по таким показателям как медь в 8 раз, железо общее в 3 раза, а также фенолы.
Черноморское побережье уникально, однако его природные богатства находятся сейчас в зоне чрезвычайно активного освоения, причем зачастую без учета их ценности. В крупнейшем порту края в городе Новороссийске, через который проходит большое количество морского транспорта, не достаточно добросовестно соблюдаются природоохранное законодательство. Даже военные суда халатно относятся к чистоте акватории. Очень плохое состояние малых рек, несущих в море свои воды. По аммонийным соединениям предельно-допустимая концентрация в Цемесской бухте превышена в 2,6 раза, нитритов и нитратов - в 4,3 раза, нефтепродуктов - в 8,4. Нередки случаи, когда в порт Новороссийск приходят вагоны с грузом, значительно превышающим норму радиационного фона, а бухта загрязнена вдоль набережной настолько, что фактически не пригодна для купания.