Сравнение современного состояния и тенденций развития инновационных систем Российской Федерации и ряда зарубежных стран показало, что российская инновационная система пока еще характеризуется инерционностью, малой скоростью и глубиной структурных сдвигов, а также их нестабильностью. Это существенно усложняет моделирование и прогнозирование структурных трансформаций в российской инновационной системе и требует разработки новых методологических подходов и методов исследования, отличных от существующих. Данная проблема актуализируется еще и тем, что из-за нестабильности инновационных процессов в российской инновационной системе прогнозирование необходимо проводить по коротким и сверхкоротким временным рядам.
Можно выделить три подпроблемы в измерении структурных сдвигов:
1) измерение собственно структурных изменений в экономике;
2) анализ территориальных различий структуры и ее изменений;
3) прогнозирование структурных изменений.
Для анализа и измерения структурных изменений адекватными методами являются: в качественном аспекте – сопоставление профилей структуры экономики, построенных для разных моментов времени, в количественном плане – расчет коэффициента структурных изменений, основанного на понятии евклидова расстояния. Анализ территориальных различий структуры и ее изменений тесно связан с решением задачи классификации – выявления групп объектов, однородных по определенному комплексу показателей. Помимо визуального выделения типологических групп объектов на диаграммах рассеяния в двумерном случае, эффективными здесь являются объективные методы кластерного анализа. Анализ характера и направленности изменений в структуре капиталовложений в экономику федеральных округов предлагается проводить с помощью годографов, демонстрирующих временные изменения структуры капиталовложений на двумерных диаграммах рассеяния соответствующих пар главных факторов. В случае регулярных годографов имеется реальная возможность построения прогностических эконометрических моделей, отражающих тенденции изменения структуры капиталовложений по укрупненным сферам экономической деятельности в федеральных округах.