При детализированном модельном описании сложных систем целесообразно рассматривать процесс функционирования Z(t) = F(t, Z(t-1), Z(t-2),…Z(t-v)) в виде совокупности нескольких взаимосвязанных процессов (подпроцессов) Z = (Z1, Z2,… Zn) [1, 2]. В отличие от [2], будем полагать, что при моделировании взаимосвязанных подпроцессов возможен учет степени их взаимного влияния. В рамках принятого предположения общий вид аддитивной функциональной модели: Zi(t) = 
, i = 1,2,…, n, где e – малый параметр связанности подпроцессов; бинарный параметр aijs принимает значение 1 (учет влияния Zj(t-s) на Zi(t)) и 0 – неучет этого влияния в рамках рассматриваемой модели; fijs и bijs = 0,1,…,s – функциональная зависимость и степень влияния Zj(t-s) на Zi(t).
Структурный синтез модели взаимосвязанных процессов сводится к задаче выбора конкретных значений параметров aijs, bijs, после чего соотношения аддитивной модели общего вида представляют собой конкретную модель. Эволюционная процедура синтеза предполагает кодирование моделей в форме кортежей (хромосом) целочисленных переменных (генов), имеющих вид: (bijs), где i,j = 1,2,…,n; s = 0,1,…,v; aijs = 1. Последнее условие приводит к тому, что хромосомы (в отличие от [3]) имеют разные длины: L = 
. Кодирование пространства решений негомологичными хромосомами позволяет использовать более сложные (по сравнению с кроссинговером) операторы транслокации и расширяет методологические возможности эволюционного синтеза.
Работа выполнена при финансовой поддержке РФФИ в рамках научных проектов № 14-07-00246, № 15-07-01711, № 15-07-05715.